Sufrió Cervera una gran despoblación durante la invasión musulmana y en el siglo XI parece fue repoblada por dos monjes lebaniegos y anexionada posteriormente a uno de sus monasterios. Fue asimismo antigua cabeza de la merindad del Condado de Pernía.
Alfonso IX cedió a su hijo la Pernía, Liébana y Cervera que pasaría a formar parte de la merindad de Aguilar.
Los pobladores de Cervera, al avanzar la Reconquista, fueron bajando gradualmente de los altos y castillos a residir a la llanura, época en la que aumentó la población de Cervera, se encauzaron sus ríos, etc.
Desempeñó esta villa un importante papel en los avatares de la Reconquista y los heroicos guerreros cerveranos participaron en la conquista de Baeza de 1227, por lo que la villa recibió ciertos privilegios y mercedes. De tal hazaña histórica provienen sus símbolos heráldicos, las armas reales leonesas y la bordura en rojo con ocho aspas de oro. Alfonso XI (1312-1350) concedió a Cervera aquel famoso apodo de “valor y lealtad” debido al honor y gloria mostrados por sus hombres en la batalla del Salado.
En lo eclesiástico, fue Cervera en origen del obispado de Asturias y, desde el siglo X, pasaría al de León, al que ha estado vinculado hasta el 1 de marzo de 1955 que sería incorporado al de Palencia.
Ya en 1379, Pedro Fernández de Velasco, Señor de Herrera, extendía su señorío a Cervera. De ser esta villa de señorío de los Velasco pasó al Conde de Siruela, habiendo sido el primer conde Fernando de Velasco en 1447, fundador del convento de San Agustín y abuelo del primer Condestable.